Com a think-tank i lobby el Cercle d’Estudis Sobiranistes elabora informes, estudis i articles que vehicula a l’opinió pública a través dels mitjans de comunicació. La publicitació dels documents que produeix el Cercle és un requisit necessari per a un entorn transparent i de servei al bé comú. És per aquest motiu que el Cercle d’Estudis fa públics els seus documents abans de canalitzar-los als actors polítics, econòmics i socials del país.

El Cercle d’Estudis Sobiranistes s’estructura orgànicament mitjançant tres grans blocs temàtics des d’on s’impulsen les diferents iniciatives:

• Jurídic i institucional
• Econòmic i d’infraestructures
• Construcció nacional

El bloc temàtic jurídic i institucional engloba totes aquelles àrees i iniciatives relacionades amb el procés de constitució d’un Estat propi per a la nació catalana en el si de la Unió Europea des d’un punt de vista legal i institucional, i per tant, emmarca tot aquell conjunt de propostes que permetin definir el camí cap a la independència en entorns de la política i la legalitat. En aquest bloc temàtic es desprenen àrees de treball com ara:

• Unió Europea
• Relacions i suport internacional

El bloc temàtic econòmic i d’infraestructures engloba aquelles àrees i iniciatives que relacionen el procés independentista amb l’economia, entesa des d’un sentit ampli, així com el sector de les infraestructures que rep un tractament específic per a la seva importància estratègica en aquest procés. Des d’aquest bloc també s’impulsa l’estudi dels costos i beneficis de l’estatalitat, així com de la pertinença a Espanya. D’aquest bloc es desprenen àrees de treball com ara:

• Seguretat social (pensions i subsidis)
• Subministrament energètic
• Infraestructures
• Seguretat, defensa i interior
• Representació i cos exterior

El bloc temàtic de construcció nacional és de des d’on s’impulsen el conjunt d’iniciatives i àrees que fixen nous horitzons en la definició de l’imaginari col·lectiu del país amb totes les seves derivades  i que ens ha de permetre avançar cap a la constitució d’un Estat propi en el marc de la Unió Europea. En aquest bloc temàtic es desprenen àrees de treball com ara:

• Cultura, llengua i difusió mediàtica
• Ensenyament públic
• Immigració i identitat